Los trabajos de seguimiento del medio marino que periódicamente realiza la Consejería de Medio Ambiente y Ordenación del Territorio han permitido detectar una mortalidad elevada de nacra (Pinna nobilis), una especie amenazada endémica del Mediterráneo. Así, se ha constatado en las inspecciones realizadas en todas las estaciones de seguimiento, que cubren más de 60 kilómetros de la costa almeriense, y que confirman que se han visto afectados más del 90% de los individuos de El Calón y de Agua Amarga y el 100% del Islote de San Andrés. Tras estos resultados, se ha ampliado el seguimiento a otras poblaciones en el poniente de Almería y en las provincias de Granada y Málaga, confirmando de nuevo mortandades cercanas al 100 %.

Para poder determinar la causa de la muerte de estas poblaciones se han recogido tres ejemplares de El Calón (uno recién muerto, otro moribundo y un tercero vivo), los cuales se han enviado al Laboratorio del Departamento de Microbiología y Parasitología de la Facultad de Biología-CIBUS, integrante del Instituto de Acuicultura de la Universidad de Santiago de Compostela. Se trata de un grupo de referencia especializado en patología de organismos marinos, incluidos los moluscos.

Este episodio puede poner en peligro la supervivencia de las poblaciones de esta emblemática especie en Andalucía y a lo largo de toda la costa mediterránea española, ya que esta situación se ha constatado también en otros puntos del litoral español, como en las Islas Baleares.

Todo parece indicar que este hecho solo afecta a Pinna nobilis, ya que en las inspecciones de seguimiento realizadas se ha observado también que ejemplares de otra especie, la nacra de roca (Pinna rudis), estaban en su mayoría vivos. Es revelador que en el Islote de San Andrés en Almería, localidad donde se observaron 20 individuos de Pinna nobilis, todos ellos muertos, el único ejemplar presente de Pinna rudis estaba vivo y con un aspecto muy saludable.

La nacra, conocida por los científicos como Pinna nobilis, es el molusco bivalvo más grande de Europa y uno de los mayores del mundo. Con una concha que puede sobrepasar los 80 cm de longitud, la nacra vive semienterrada en el sustrato, preferentemente en praderas de fanerógamas marinas y en especial en las de Posidonia oceánica. Este bivalvo extraordinario, no solo por sus dimensiones, sino también por su longevidad (puede vivir más de 20 años), constituye un microcosmos dentro de las praderas.

Las principales poblaciones de Pinna nobilis se encuentran en el Levante Almeriense y en el Parque Natural de Cabo de Gata-Níjar, aunque la especie está también presente aunque menos en la bahía de Almería, en el Poniente de Almería, en Granada y en Málaga. El límite de distribución conocido de este molusco en Andalucía se encuentra en la bahía de Algeciras (Cádiz). Las principales estaciones de seguimiento de Pinna nobilis de Andalucía, con parcelas fijas y etiquetado de todos los individuos para el control de crecimiento, se encuentran instaladas en las localidades Almerienses de El Calón a 20 metros de profundidad, Isla de Carboneras a 12 metros y Agua Amarga a 15 metros.

Las poblaciones de Pinna nobilis de Andalucía son objeto de seguimiento desde 2007 por el Programa de Medio Marino de la Consejería de Medio Ambiente y Ordenación del Territorio de la Junta de Andalucía. Cabe destacar que hasta la fecha los únicos casos de mortandad de la especie se registraron en Agua Amarga (Almería) durante el seguimiento anual realizado en 2010.