OliveAtlas: una plataforma interactiva para estudios genéticos del olivo
El olivo (Olea europaea L.) es un cultivo milenario de gran importancia en la cuenca del Mediterráneo debido a la producción del aceite de oliva y la aceituna de mesa, que constituyen una importante fuente de grasa y presentan beneficios para la salud humana. Este cultivo se encuentra actualmente en expansión, con una creciente producción a nivel mundial. Recientemente, se han secuenciado cinco genomas de olivo, representativos del olivo silvestre o acebuche y de varios cultivares relevantes en términos de producción de aceite de oliva, agricultura intensiva y adaptación al clima de Asia oriental. Sin embargo, los recursos bioinformáticos y transcriptómicos disponibles para su uso en investigación y en los programas de mejora del olivar son muy escasos, a pesar de que los datos de expresión génica son cruciales para los estudios de genómica funcional.
En un trabajo reciente publicado en la revista Plants, investigadores del grupo de Biología Reproductiva y Microscopía Avanzada de Plantas (BReMAP) de la EEZ-CSIC, en colaboración con investigadores del IHSM (CSIC-UMA) y del Instituto Universitario de Investigación en Olivar y Aceites de Oliva (UJA) han desarrollado OliveAtlas, una plataforma interactiva que contiene datos de expresión génica del olivo, así como distintas herramientas bioinformáticas y métodos de visualización que permiten la comparación múltiple de genes, la búsqueda de duplicaciones génicas, el enriquecimiento de conjuntos de genes y la descarga de los datos transcriptómicos. La plataforma OliveAtlas contiene 70 experimentos de RNA-seq, organizados en 10 conjuntos de datos que representan los principales órganos de la planta (raíz, tallo, meristemo, hoja, semilla, fruto, flor y polen), el proceso de germinación del polen y elongación del tubo polínico, y la respuesta de la planta a distintos tipos de estreses bióticos y abióticos, entre otras condiciones experimentales. OliveAtlas es una herramienta web basada en easyGDB con datos de expresión que han sido anotados tomando como referencia el genoma del cultivar Picual.
Más información: Bullones A, Castro AJ, Lima-Cabello E, Alché JD, Luque F, Claros MG, Fernández-Pozo N (2023). OliveAtlas: A gene expression atlas tool for Olea europaea. Plants 12, 1274 (https://doi.org/10.3390/plants12061274).
